Dan Flavin wordt geboren in New York in 1933. Aanvankelijk wordt hij opgeleid tot priester, maar geeft dit op om zich bij zijn tweelingbroer te voegen, die bij de luchtmacht is gegaan. In zijn diensttijd (1954–1955) wordt Flavin opgeleid tot weerkundige. Aan de University of Maryland in Zuid-Korea volgt hij een kunstopleiding. Terug in de Verenigde Staten vervolgt hij zijn kunstopleiding in New York.
Vanaf 1959 heeft Flavin baantjes bij het Guggenheim Museum en het Museum of Modern Art, onder meer als suppoost. Bij het MoMA ontmoet hij o.a. Sol LeWitt, Lucy Lippard en Robert Ryman. Zijn eigen kunstenaarsloopbaan heeft dan al een aanvang genomen. In 1961 trouwt hij met Sonja Severdija, een student kunstgeschiedenis die ook bij het MoMA werkt. Flavin ontwikkelt zich als minimalist en legt zich vanaf 1963 volledig toe op het creëren van lichtsculpturen en -installaties op basis van tl-buizen, veelal in opdracht. Zo maakt hij in 1986 een installatie voor de centrale trappen van het Stedelijk Museum Amsterdam. In 2011 wordt dit werk – als sluitstuk van de ingrijpende verbouwing van het museum – opnieuw uitgevoerd.
In 1992 trouwt Flavin met zijn tweede vrouw, kunstenaar Tracy Harris. In 1996 overlijdt hij in New York aan de gevolgen van diabetes.
